隨著“人類蛋白質組計劃”的提出，越來越多的科研人員將關注力放在蛋白質(組)上，蛋白質組學也成為現代生物醫學研究的關鍵途徑。
人類基因的全序列測定是科學家近二十年完成的一項偉大的生物工程，然而大部分疾病并非由于基因改變造成，基因組學在疾病預測、治療方面的直接關聯度有限。蛋白質是生命體的功能分子，是指示生物體內狀態變化的功能指標。在現代生物醫學和相關醫療產品的研究中，全面的蛋白質組的發現、注釋和理解成為研究過程中非常寶貴的資料。然而，由于蛋白質組的復雜性和質譜技術的局限性，幾十年以來，對蛋白質組進行大規模、無偏、深入和快速測量要落后于基因組水平的研究。
蛋白質組學就像探索深海
相較于成熟的基因組學研究技術，蛋白質組學研究并沒有如二代測序一樣具備公認、統一、穩定、便捷的方法。其主要原因在于：
（1）蛋白質構成的復雜度（由二十多種氨基酸組成），多級空間結構、海量的翻譯后修飾；
（2）蛋白表達種類、水平、后修飾等具有時間和空間特異性；
（3）蛋白質無法通過類似PCR的方法實現擴增，因此，對于低豐度蛋白檢出是目前蛋白質組學研究的技術瓶頸之一。
因此，提高蛋白質檢測的寬度（種類/通量）、深度（豐度）、廣度（樣本量），提高數據可信度（靈敏度和可重復性），提高單次檢測的效率并降低成本（平臺易用性），成為各類蛋白質組學平臺所聚焦的核心問題。
創新高深度蛋白質組技術平臺
生物質譜（LC-MS/MS）是目前蛋白質組研究的核心工具，利用質譜能高通量實現對幾乎所有來源樣品的蛋白質鑒定與定量分析。然而，對于樣本中的低豐度蛋白檢出，是目前生物質譜面臨的技術挑戰。
應脈醫療獨家引進的美國Seer公司Proteograph?平臺，利用專有的納米粒子（Nanoparticle, NP）技術，讓高效的、無偏的“非特異性選擇”方法成為可能，極大地彌補了質譜法可重復性差、使用分析周期長的弱點。Proteograph?平臺利用經過特殊制作的納米粒子磁珠，在跨數十數量級豐度之間，非特異性地結合各類蛋白，無需額外去除高豐度蛋白，便可以比傳統方法提高數十倍的效率對蛋白質進行無偏的吸附提純。再利用高性能的質譜技術，達到高精度測量。
Proteograph?平臺包括試劑和耗材、自動化儀器和數據分析軟件，實現了端到端的無縫集成。從樣品制備開始，通過將樣品與專有的納米粒子混合，使用自動化儀器進行液體處理工作，可持續運行數百至數千個樣本規模的實驗。儀器允許在96孔板上使用多個NPs對多個生物樣品進行快速、高度的平行蛋白質組學采樣。納米顆粒（Nanoparticle, NP）以無偏的方式捕獲樣品中的各種蛋白質，然后轉化成肽段。一旦樣本制備好，然后通過LC/MS質譜儀進行分析，捕獲的數據再通過Proteograph?的專有軟件進行可視化和分析處理。 理論上Proteograph?可探索的蛋白質種類是無限的，目前在利用Proteograph?進行實驗的已發表研究中，其測量數量已達到3000-4000余種（5-10個NP）。Proteograph?為蛋白質組學研究，真正打開了深海的大門。
ProteographTM研究者心得
來自奈特癌癥研究所，俄勒岡健康與科學大學的Dr. Mark Flory是Seer公司Proteograph?平臺的全球首家合作研究機構。他們擁有來自臨床的豐富的生物血樣庫，正在針對多項前沿的癌癥課題展開基于體液的深度研究。Seer無偏、高深度、規模化的蛋白質組學研究平臺Proteograph?為Dr. Mark Flory的團隊帶來了全新的超廣視角和巨大便利，本期“真知篤行”，讓Dr. Mark Flory講述使用Proteograph?的絕佳體驗：
- 蛋白質組學在液體活檢、癌癥早篩的關鍵應用
- Seer Proteograph?在液體活檢研究中的巨大優勢和團隊支持
- 大規模、高質量，讓寶貴的科研時間回歸思考
- 真實臨床樣本的研究：前列腺癌的早篩
- 蛋白質組學巨大的探索空間
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